混合气体的环氧乙烷灭菌器有其最大的缺点：
1、混合气体的环氧乙烷含CFC/HCFC或者叫氟利昂（根据蒙特利尔公约，CFC已经禁止使用）因为其为破坏大气层的气体。中国的混合气体环氧乙烷灭菌剂都不给加CFC，因为CFC成本太高，但是CFC在混合气体中起稳定剂的作用，所以不加CFC容易爆炸。
2、混合气体的环氧乙烷气体不溶于水，同时遇到空气将变为破环大气层的物质。纯的环氧乙烷气体溶于水，遇到水将变为乙二醇，乙二醇同时具有的杀菌作用。纯的环氧乙烷遇到空气将变为二氧化碳和水。混合气体不允许直排大气。
3、混合气体的环氧乙烷灭菌剂的保质期为30天，最多为50天，混合气体为危险品运输所以客户更换气瓶很难。我产品的铝瓶装环氧乙烷灭菌剂保质期为2年。
4、混合气体的环氧乙烷灭菌器的灭菌剂装在一个很大的煤气罐的钢瓶内，每次使用都要人为的打开阀门释放气体，很不安全，操作人员容易吸食到环氧乙烷气体。环氧乙烷灭菌剂是致癌物，泄露时对操作人员是最大的危害。在国内爆炸过也熏死过医护人员。
5、大瓶装的混合气体环氧乙烷灭菌剂，很容易爆炸不易运输和储存。因为保质期短医院使用很麻烦。
6、混合气体的环氧乙烷灭菌后的残留很严重，如果用户需要做环氧乙烷灭菌后环氧乙烷的残留量很可能是不合格的。
7、混合气体的环氧乙烷灭菌后对其灭菌的产品环氧乙烷的残留量是超标的，同时国家规定混合气体灭菌后的产品要置放24销售才可以使用。
8、混合气体的环氧乙烷灭菌器必须有专人看着设备，因为他不是全自动的，释放药水，加湿等都要人为去控制。
9.在国际上混合气体的环氧乙烷不允许使用到医院灭菌，只用于工业使用。